今回もミラ・ジョヴォヴィッチの眼球のアップからスタート。1作目のシャワー室で目覚めるシーンになり、おやおやまたもや今までのあらすじ紹介かと思いきや、薄手の赤い服を着たアリスは扉を開けるとそこは、ハイブのコンピュータ室に通じる廊下。1作目で特殊部隊の隊員が殺人レーザーで小間切れにされた場所です。アリスは何とかレーザーをかいくぐって、天井裏に飛びつきます。
ダクトから抜け出すと、今度は第2作の捕まっていた病院。結局罠にはまって死んでしまう。死体は屋外の溝に無造作に放り投げて・・・何と、そこには何体ものアリスの死体が捨てられていました。砂漠のような場所で、周囲は金網で仕切られ、金網の外にはゾンビが群がっていました。Tウイルスは数週間でアメリカ全土、そして数か月で世界中に広がり、人類は滅亡に向かっていたのです。
あれから、3年が経ちアリスはバイクで各地を転々とする生活をしていました。前作で、アリスに助けられラクーンシティを脱出できた、カルロス(オデッド・フェールロイド)とL.J.(マイク・エップス)は、クレア(アリ・ラーター)がリーダーの生存者集団と共に移動生活をしています。アリスは彼らを助けたことで行動を共にします。
アンブレラ社は砂漠の地下深くに研究施設を整備し、アイザック博士(イアン・グレン)を中心に、アリスの血液から抗血清を作り、ゾンビを無力化して従順にさせる研究をしていました。そして、その為の実験に大量のクローン・アリスを利用しているのです。
アリスが超能力を覚醒させ使用すると、その波を検知したアイザックはどうしてもアリスを捕えたくて独断専行するのです。衛星からの脳波コントロールでアリスを操れるはずでしたが、アリスの抵抗により失敗し、アイザックもゾンビによって負傷します。何とか研究施設に戻ったアイザックは抗ウイルス薬を注射し、その結果「ネメシス」化するのでした。
カルロスやL.Jら多くの仲間を失うものの、クレアらと研究施設を急襲したアリスは、皆をヘリコプターでアラスカにある感染が広がっていない地「アルカディア」に向けて脱出させ、自分は一人研究施設内に足を踏み入れのでした。
クローン・アリスの登場で、ホラー色は薄まりSF調が強まった感じですが、そもそもこれだけアメリカ中を不毛の土地にしてしまって、アンブレラ社は一体何を求めているのかよくわからない話になってきました。表向きの製薬企業として、買い手の客がみんなゾンビじゃもうからない。裏の商売の武器商人としても、こうなると戦争にもならないので商売上がったりです。
前作で生き残ったジルとアンジェラについては映画の中では言及されていませんが、実は小説版だとアイザックによる脳を遠隔操作されたアリスがアンジェラを殺してしまったらしい。アリスは人工衛星による監視を受けていたので、仲間とは別行動をすることにしたようです。
これまでのイメージが続いてマンネリ感を恐れた制作陣は、今回はゾンビ映画としては異例の白昼の砂漠を舞台にしました。当然、それによってホラー感はかなり薄まっていることは間違いない。まさにバイオハザード版マッドマックス。
もう驚きもしませんが、当然のように最後は「次回に続く」なわけで、アリスが渋谷(!)の地下にアジトがあるアンブレラ社のトップに宣戦布告して終わります。