1978年にサーリーナ星人の魔の手から逃れてザルタ星人が地球に到着。ザルタの王女ロラーナは秘宝である「ザルタの光」を隠すことをMIBに頼みました。MIBは、サーリーナを足止めして他の星に隠すようにロラーナ逃がしました。
そして2002年、通り道の星々を破壊しながら、ザルタの光を見つけることができないサーリーナ(ララ・フリン・ボイル)は再び地球にやって来たのです。MIBでは、K（トミー・リー・ジョーンズ）は5年前に引退していて、J(ウィル・スミス)は優秀な捜査員になったものの相棒に恵まれず、ついに犬のパグに変身しているエイリアンのフランクを相棒につけられてしまいます。
サーリーナは雑誌の美女モデルに変身して、ザルタの光のありかを知るザルタ星人のピザ屋を脅し、明晩、光は地球を離れると白状させてから殺しました。目撃してしまったピザ屋の店員、ローラ(ロザリオ・ドーソン)から話を聞いたJは、恋した?彼女の記憶を消すことができませんでした。
サーリーナの宇宙船が発見され、Jは過去の事件の担当だったK・・・今は郵便局員のケヴィンのもとを訪ねますがMIBの時の記憶が無いKに相手にされません。何とかKを連れ出し、記憶を戻す装置に座らせようとしますが、サーリーナがMIB本部を襲撃してきます。KとJはかろうじて脱出し、過去に記憶復帰装置をハッキングしていた宇宙人の協力でKは記憶を取り戻します。
実は、ザルタの光の所在を示すものは、ローラの身につけているブレスレットが重大な手掛かりだったのです。しかし、サーリーナによってローラは捕まってしまったため、KとJは占拠されているMIB本部に突撃するのでした!!
途中でMIBエージェント希望のエイリアン役で、なんとマイケル・ジャクソンが登場したりします。前作の終わり方が完結っぽかったので、続編を作るとなってスタッフは相当考えたんでしょうね。引退してエージェント時代の記憶が無くなったKというのがテーマで、おそらくそのために過去の因縁などの話を作り上げたと思います。
シリーズ物の続編は、一作目に劣ることが多いのは二番煎じになりやすいことも理由にあります。そういう意味では、前回とはだいぶ異なるシチュエイションになったことは悪いことではありません。しかし、それでも正直、一作目を比べてパワーダウンは否めないところ。
その理由としては、おそらくコメディ要素が減ったことに原因の一端があるかもしれません。ユニークなエイリアンが登場して見た目の可笑しさはあるのですが、アクション映画としての色彩が強まりました。その割には、アクションが物足りなかったりして中途半端というところでしょうか。さらなる続編もありますので、今後に期待というところです。