以下、Season1のネタバレを含みます。
新谷和彦(池松壮亮)には、双子の弟、裕美がいました。正気を失った父親によって、裕美は女の子として育てられ、次第に殺人衝動を表に出すようになります。和彦は殺人を請け負い、裕美の殺人癖をコントロールしていたのでした。
崖から突き落とされたのは和彦で、爆弾テロを企てていた筧を尾行していたのは女装した裕美。そして、爆弾テロを最終的に実行しようとしていたのは、グラークα作戦を指揮していた室井公安部長(生瀬勝彦)だったのです。室井は森原官房長官のもと公安省を設置し、警察から独立した秘密警察を設置しようとしていたのでした。
しかし、倉木警部(西島秀俊)、大杉警部補(香川照之)、明星巡査部長(真木よう子)らの行動によって、室井の要人テロは失敗し逃亡します。記憶喪失が回復した新谷裕美は、黒幕である室井を殺しますが、倉木に抱きかかえられて和彦への感謝を口にして息絶えたのでした。
ここまでがSeason1ですが、グラークα作戦に参加した公安部員が皆殺された中で、倉木の妻、千尋だけが何故帰還できたのか、そして何故何も語らずに精神を病んでいったのか。公安捜査官だった明星の父親が、何故行方不明になったのか。大きな謎が遺されたままでした。
Season2は、室井の悪事については監察官である津城警視正(小日向文世)によって、完全に隠蔽され、すべては新谷裕美の犯行として処理されたところから始まります。北海道で領海侵犯した外国船と海上保安庁との間で銃撃戦が発生する事件が起こります。その直後、数名の外国人によるエネルギー施設の爆破事件が発生します。
外事に移動していた明星らは捜査を開始しますが、防犯ビデオの映像に残された犯人グループの中に、何と新谷裕美の姿があったのです。そして、近くの駅で目撃された日本人らしき男性の似顔絵は、明星の父、明星洋人(篠田三郎)にそっくりだったのです。
一方、倉木は千尋が拘束されていた件にイワン・タイラーと呼ばれる人物が関与していたことがわかり、タイラーの行方を探し始めます。と、同時に、新谷裕美の殺害方法であった首をアイスピックで刺すという殺人事件が連続で発生し始めました。
倉木に接触してきたフリー・ライターの名波汐里(蒼井優)は、裕美の情報と交換にイワン・タイラーの捜査に協力します。しかし、名波もまた政府要人の依頼でテロリストと接触しましたが、政府から裏切られたものの一人だけ帰還できた人物だったのです。
Season1に比べると約半分の時間なので、比較的無駄なやり取りは無く、Season1ほどのワクワク感は少ない感じがしますが、てきぱきとストーリーが進行します。最終的にはこれまでの謎はすべて一つに集約され、それなりの回答を引き出しています。ただし、人々が悪夢で悩む「だるま」の謎だけは残されました。